14年前，初號機疑似神化第一形態的覺醒帶來近三沖擊，使世界發生前所未有的巨變。 在此之后，葛城美里等NERV舊部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。 Wille授命明日香和真里奪回被封印在衛星軌道上的初號機和碇真..